Jason C. Slot | Patologi Tanaman

Daftar Publikasi

• Sahu, N., Indic, B., Wong-Bajracharya, J., Merényi, Z., Ke, H. M., Ahrendt, S., …Slot, J.C,... & Nagy, L. G. (2023). Transfer gen vertikal dan horizontal membentuk kolonisasi tanaman dan degradasi biomassa pada genus jamur Armillaria. Nature Microbiology, 8(9), 1668-1681. [IF 30.9]
• McTaggart, A. R., McLaughlin, S., Slot, J. C., McKernan, K., Appleyard, C., Bartlett, T. L., ... & James, T. Y. (2023). Domestikasi melalui budidaya rahasia membatasi keragaman genetik pada jamur ajaib relatif terhadap populasi yang dinaturalisasi. Current Biology, 33(23), 5147-5159. [IF 10.9]
• Scott, K., Konkel, Z., Gluck-Thaler, E., Valero David, G. E., Simmt, C. F., Grootmyers, D., ... & Slot, J. (2023). Genom endofit mendukung keragaman klaster gen metabolik yang lebih besar dibandingkan dengan non-endofit pada Trichoderma. Plos one, 18(12), e0289280. [IF 3.7]
• Sierra-Patev, S., Min, B., Naranjo-Ortiz, M., Looney, B., Konkel, Z., Slot, J. C., ... & Hibbett, D. (2023). Analisis filogenomik global dari genus shiitake Lentinula. Proceedings of the National Academy of Sciences, 120(10), e2214076120. doi [IF11.1]
• McTaggart, A. R., James, T. Y., Slot, J. C., Barlow, C., Fechner, N., Shuey, L. S., & Drenth, A. (2023). Pengurutan genom progeni jamur ajaib (Psilocybe subaeruginosa) mengidentifikasi perkawinan tetrapolar dan duplikasi gen dalam jalur psilocybin. Fungal Genetics and Biology, 103769. doi [IF 3.0]
• Meyer, M., & Slot, J. (2023). Evolusi dan Ekologi Psilocybin di Alam. Fungal Genetics and Biology, June 2023, 103812. doi [IF 3.0]
• Gluck-Thaler, Emile; Ralston, Timothy; Konkel, Zachary; Ocampos, Cristhian Grabowski; Ganeshan, Veena Devi; Dorrance, Anne E.; Niblack, Terry L.; Wood, Corlett W.; Slot, Jason C.; Lopez-Nicora, Horacio D.; Vogan, Aaron A. 2022. Elemen Starship Raksasa Memobilisasi Gen Aksesori dalam Genom Jamur. Molecular Biology and Evolution Volume 39, Issue 51 Article number msac109
• Franco, M. E., Wisecaver, J. H., Arnold, A. E., Ju, Y. M., Slot, J. C., Ahrendt, S., ... & U’Ren, J. M. (2022). Generalisme ekologi mendorong hiperdiversitas klaster gen metabolit sekunder pada endofit xylarial. New Phytologist, 233(3), 1317-1330. (dengan Konkel, Z. dan Scott, K.)
• Slot, J. C., & Kasson, M. T. (2021). Ekologi: Mimikri jamur menipu hewan dengan mentransformasi tanaman. Current Biology, 31(5), R250-R252.
• Konkel, Z., Scott, K., & Slot, J. C. (2021). Draf Urutan Genom dari “Jamur Cuckoo” yang Terkait dengan Rayap, Athelia (Fibularhizoctonia) sp. Strain TMB TB5. Microbiology Resource Announcements, 10(1).
• Gluck-Thaler, E., Cerutti, A., Perez-Quintero, A. L., Butchacas, J., Roman-Reyna, V., Madhavan, V. N., ... & Jacobs, J. (2020). Perolehan dan kehilangan berulang satu gen memodulasi evolusi gaya hidup patogen tanaman vaskular. Science advances, 6(46), eabc4516.
• Valero-Jiménez, C. A., Steentjes, M. B., Slot, J. C., Shi-Kunne, X., Scholten, O. E., & van Kan, J. A. (2020). Dinamika dalam klaster gen metabolit sekunder pada genom yang sangat sintenik dan stabil pada genus jamur Botrytis. Genome biology and evolution, 12(12), 2491-2507.
• Qu, F., Zheng, L., Zhang, S., Sun, R., Slot, J., & Miyashita, S. (2020). Bottleneck, Isolate, Amplify, Select (BIAS) sebagai kerangka mekanistik untuk dinamika populasi intraseluler virus RNA sense positif. Virus Evolution, 6(2), veaa086.
• Wang, Y. W., Hess, J., Slot, J. C., & Pringle, A. (2020). Kelahiran Gen De Novo, Transfer Gen Horizontal, dan Duplikasi Gen sebagai Sumber Keluarga Gen Baru yang Terkait dengan Asal Usul Simbiosis pada Amanita. Genome biology and evolution, 12(11), 2168-2182.
• Goughenour, K. D., Whalin, J., Slot, J., & Rappleye, C. A. (2020). Diversifikasi kitinase jamur dan diferensiasi fungsionalnya pada Histoplasma capsulatum. Molecular Biology and Evolution.
• Gluck-Thaler, E., Haridas, S., Binder, M., Grigoriev, I. V., Crous, P. W., Spatafora, J. W., ... & Slot, J. C. (2020). Arsitektur metabolisme memaksimalkan keragaman biosintetik pada kelas jamur terbesar. Molecular Biology and Evolution.
• Farinas, C., Jourdan, P. S., Paul, P. A., Slot, J. C., Daughtrey, M., Devi Ganeshan, V., ... & Peduto Hand, F. (2020). Spesies Phlox menunjukkan resistensi kuantitatif dan kualitatif terhadap populasi isolat embun tepung dari bagian timur Amerika Serikat. Phytopathology, (ja).
• Wolff, P. B., Nielsen, M. L., Slot, J. C., Andersen, L. N., Petersen, L. M., Isbrandt, T., ... & Hoof, J. B. (2020). Acurin A, senyawa hibrida baru, dibiosintesis oleh gen pengkode PKS dan NRPS yang ditranslasi secara individual pada Aspergillus aculeatus. Fungal Genetics and Biology, 103378.
• Farinas, C., Gluck-Thaler, E., Slot, J. C., & Hand, F. P. (2019). Urutan Genom Utuh dari Patogen Embun Tepung Phlox Golovinomyces magnicellulatus Strain FPH2017-1. Microbiology resource announcements, 8(36), e00852-19.
• Slot, J.C. and Gluck-Thaler, E. (2019). Klaster gen metabolik, keragaman jamur, dan pembentukan fungsi aksesori. Current Opinion in Genetics and Development.
• Armaleo, D., Müller, O., Lutzoni, F., Andrésson, Ó., Blanc, G., Bode, H., Collart, F., Dal-Grande, F., Dietrich, F., Grigoriev, I., Joneson, S., Kuo, A., Larsen, P., Logsdon-Jr., J., Lopez, D., Martin, F., May, S., McDonald, T., Merchant, S., Miao, V., Morin, E., Oono, R., Pellegrini, M., Rubinstein, N., Sanchez-Puerta, M., Savelkoul, E., Schmitt, I., Slot, J., Soanes, D., Szövényi, P., Talbot, N., Veneault-Fourrey, C., Basil Xavier. (dalam cetakan). Simbiosis lumut dikaji ulang melalui genom Cladonia grayi dan pasangan alganya Asterochloris glomerata. BMC Genomics.
• Boyce, Greg R., Emile Gluck-Thaler, Jason C. Slot, Jason E. Stajich, William J. Davis, Tim Y. James, John R. Cooley et al. "Alkaloid terkait tanaman dan jamur psikoaktif dari dua patogen jangkrik yang memodifikasi perilaku." Fungal ecology 41 (2019): 147-164.
• Olarte, R. A., Menke, J., Zhang, Y., Sullivan, S., Slot, J. C., Huang, Y., ... & Bushley, K. E. (2019). Penataan ulang kromosom membentuk diversifikasi metabolisme sekunder pada jamur penghasil siklosporin Tolypocladium inflatum. BMC genomics, 20(1), 120.
• Ewing, C. J., Hausman, C. E., Pogacnik, J., Slot, J., & Bonello, P. (2018). Penyakit daun beech: Epidemi hutan yang muncul. Forest Pathology, e12488. doi
• Gluck-Thaler, E., Vijayakumar, V., & Slot, J. C. (2018). Adaptasi jamur terhadap pertahanan tanaman melalui perakitan konvergen modul metabolik. Molecular ecology, 27:24, 5120-5136. doi
• Blei, F.; Fricke, J.; Wick, J.; Slot, J.C.; Hoffmeister, D. (2018). Metilasi L-triptofan iteratif pada Psilocybe berevolusi melalui duplikasi subdomain. ChemBioChem, 19:20, 2160-2166. doi
• Reynolds, H.; Vijayakumar, V.; Gluck-Thaler, E.; Korotkin, H.; Matheny, P.; Slot, J.C. (2018). Transfer klaster gen horizontal meningkatkan keragaman jamur halusinogen. Evolution Letters, 2 (2), 88-101. doi:10.1002/evl3.42
• Gluck-Thaler, E.; Slot, J.C. (2018). Biokimia tanaman khusus mendorong pengelompokan gen pada jamur. ISME Journal, 1-12. doi:10.1038/s41396-018-0075-3
• Slot, J.C. (2018). Ekologi Jamur. Encyclopedia of Life Sciences 1-10. Based in part on the previous version (2001) by Hawksworth, D.L. doi, G., A. N. Prasanna, M. C. Walter, E. O’Connor, B. Bálint, K. Krizsán, B. Kiss, J. Hess, T. Varga, J. C. Slot, R. Riley, B. Bóka, D. Rigling, K. Barry, J. Lee, S. Mihaltcheva, K. LaButti, A. Lipzen, R. Waldron, N. M. Moloney, C. Sperisen, L. Kredics, C. Vágvölgyi, A. Patrignani, D. Fitzpatrick, I. Nagy, S. Doyle, J. B. Anderson, I. V. Grigoriev, U. Güldener, M. Münsterkötter, and L. G. Nagy. (2017). Ekspansi Genom dan Inovasi Genetik Spesifik Lini pada Jamur Patogen Hutan Armillaria. Nature Ecology & Evolution.
• Slot, J. C. (2017). Keragaman dan Evolusi Klaster Gen Jamur. Advances in Genetics.
• Nagy, L. G., Tóth, R., Kiss, E., Slot, J., Gácser, A., & Kovács, G. M. (2017). Enam Sifat Kunci Jamur: Asal Usul Evolusi dan Dasar Genetiknya. Microbiology spectrum, 5(4).
• Reynolds, H. T., Slot, J. C., Divon, H. H., Lysøe, E., Proctor, R. H., & Brown, D. W. (2017). Retensi diferensial fungsi gen dalam klaster metabolit sekunder. Mol Biol Evol, msx145.
• Riley R, Haridas S, Wolfe KH, Lopes MR, Hittinger CT, Göker M, Salamov AA, Wisecaver JH, Long TM, Calvey CH, Aerts AL, Barry KW, Choi C, Clum A, Coughlan AY, Deshpande S, Douglass AP, Hanson SJ, Klenk HP, LaButti KM, Lapidus A, Lindquist EA, Lipzen AM, Meier-Kolthoff JP, Ohm RA, Otillar RP, Pangilinan JL, Peng Y, Rokas A, Rosa CA, Scheuner C, Sibirny AA, Slot JC, Stielow JB, Sun H, Kurtzman CP, Blackwell M, Grigoriev IV, Jeffries TW. Genomik komparatif ragi yang penting secara bioteknologi. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Aug 30;113(35):9882-7.
• Reynolds, Hannah T., Hazel A. Barton, and Jason C. Slot. "Analisis filogenomik mendukung perubahan baru-baru ini dalam asimilasi nitrat pada patogen White-nose Syndrome, Pseudogymnoascus destructans." Fungal Ecology 23 (2016): 20-29.
• Staehlin, Benjamin M, Gibbons, John G, Rokas, Antonis, O'Halloran, Thomas V, Slot, Jason C.. 2016. Evolusi Pulau Homeostasis/Resistensi Logam Berat Mencerminkan Meningkatnya Stres Tembaga pada Enterobakteria. GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 8: 811-826
• Elmore, M Holly, Kriston L McGary, Jennifer H Wisecaver, J.C. Slot, David M Geiser, Stacy Sink, Kerry O'Donnell, and A Rokas. (2015) Pengelompokan dua gen yang diduga terlibat dalam detoksifikasi sianat berevolusi baru-baru ini dan independen pada beberapa garis keturunan jamur. Genome Biology and Evolution 7 (3): 789–800.
• Greene, GH, McGary, KL, Rokas, A, Slot, JC. 2014. Ekologi mendorong distribusi modul metabolisme tirosin khusus pada jamur. Genome Biology and Evolution 6: 121-132.
• McGary, K. L., J. C. Slot, and A. Rokas. (2013) Keterkaitan Fisik Gen Metabolik pada Jamur Merupakan Adaptasi terhadap Akumulasi Senyawa Antara Beracun. Proc Nat Acad Sci 110(28), 11481–11486.
• Campbell, M.A., M. Staats, J.A.L. van Kan, A. Rokas and J.C. Slot. 2013, Kehilangan berulang klaster gen yang ditransfer secara horizontal kuno pada Botrytis. Mycologia 105:1126-113.
• Bradshaw, R.E., J. C. Slot, G. G. Moore, P. Chettri, P. J.G.M. de Wit, K. C. Ehrlich, A. R. D. Ganley, M. A. Olson, A. Rokas, I. Carbone, M. P. Cox. (2013) Fragmentasi Klaster Gen Mirip Aflatoksin pada Patogen Hutan. New Phytol 198:525-35.
• Gibbons, J. G., L. Salichos, J. C. Slot, D.C. Rinker, K.L. McGary, J.G. King, M. A. Klich, D. L. Tabb, W. H. McDonald, and A. Rokas. (2012). Jejak evolusi domestikasi pada variasi dan fungsi genom mikroba. Curr Biol 22:1-7.
• Zhang, H., A. Rokas and J. C. Slot. (2012). Dua Klaster Gen Metabolisme Sekunder Berbeda Menempati Lokus Leluhur yang Sama pada Dermatofit Jamur. PLoS ONE 7: e41903
• League, G., J. C. Slot, and A. Rokas. (2012) Lokus ASP3 pada Saccharomyces cerevisiae berasal dari transfer gen horizontal dari Wickerhamomyces. FEMS Yeast Res Online early: DOI: 10.1111/j.1564-1364.2012.00828.x.
• Floudas, D., (and 70 others, inc. J. C. Slot) (2012). Asal Usul Paleozoikum Dekomposisi Lignin Enzimatik Direkonstruksi dari 31 Genom Jamur. Science 336: 1715
• Stergiopoulos, I., Y.A. Kourmpetis, J. C. Slot, F.T. Bakker, P.J.G.M. De Wit, and A. Rokas. (2012) Karakterisasi in silico dan analisis evolusi molekuler dari superfamili baru protein efektor jamur. Mol Biol Evol 29(11): 3371-3384.
• Campbell, M. A., A. Rokas, and J. C. Slot. (2012). Transfer horizontal dan kematian klaster gen metabolisme sekunder jamur. Gen Biol Evol 4(3), 289–293
• Slot, J. C. and A. Rokas. 2011. Transfer horizontal klaster gen metabolit sekunder yang besar dan sangat beracun antar jamur. Curr Biol 21(2)
• Slot, J. C. and A. Rokas. 2010. Beberapa klaster gen jalur GAL berevolusi secara independen dan melalui mekanisme yang berbeda pada jamur. Proc Nat Acad Sci 107(22) 10136-10141
• Slot, J. C., K. N. Hallstrom, P. B. Matheny, K. Hosaka, G. Mueller, D. L. Robertson, and D. S. Hibbett. 2010. Diversifikasi filogenetik, struktural, dan fungsional transporter nitrat pada tiga klad yang beragam secara ekologis dari jamur pembentuk cendawan. Fungal Ecology 3(3):160-177.
• Slot, J. C., and D. S. Hibbett. 2007. Transfer Horizontal Klaster Gen Asimilasi Nitrat dan Transisi Ekologis pada Jamur: Studi Filogenetik. PLoS ONE 2:e1097.
• Slot, J. C., K. N. Hallstrom, P. B. Matheny, and D. S. Hibbett. 2007. Diversifikasi NRT2 dan Asal Usul Homolog Jamurnya. Mol Biol Evol 24:1731-1743.
• Matheny, P. B., Z. Wang, M. Binder, J. M. Curtis, Y. W. Lim, R. H. Nilsson, K. W. Hughes, V. Hofstetter, J. F. Ammirati, C. L. Schoch, E. Langer, G. Langer, D. J. McLaughlin, A. W. Wilson, T. Froslev, Z. W. Ge, R. W. Kerrigan, J. C. Slot, Z. L. Yang, T. J. Baroni, M. Fischer, K. Hosaka, K. Matsuura, M. T. Seidl, J. Vauras, and D. S. Hibbett. 2007. Kontribusi rpb2 dan tef1 terhadap filogeni cendawan dan sekutunya (Basidiomycota, Fungi). Mol Phylogenet Evol 43:430-451.
• Matheny, P. B., Curtis, J. M., Hoffstetter, V., Aime, M. C., Moncalvo, J. M., Ge, Z. W., Yang, Z. L., Slot, J. C., et al. 2006. Klad utama Agaricales: gambaran filogenetik multilokus. Mycologia 98(6): 982-995.
• James, T. Y., F. Kauff, C. L. Schoch, P. B. Matheny, V. Hofstetter, C. J. Cox, G. Celio, C. Gueidan, E. Fraker, J. Miadlikowska, H. T. Lumbsch, A. Rauhut, V. Reeb, A. E. Arnold, A. Amtoft, J. E. Stajich, K. Hosaka, G. H. Sung, D. Johnson, B. O'Rourke, M. Crockett, M. Binder, J. M. Curtis, J. C. Slot, et al. 2006. Merekonstruksi evolusi awal Jamur menggunakan filogeni enam gen. Nature 443:818-822.
• Yang, Z. L., P.B. Matheny, Z. Ge, J. C. Slot, and D. S. Hibbett. 2005. Spesies Asia baru dari genus Anamika (euagarics, klad hebelomatoid) berdasarkan morfologi dan sekuens DNA ribosom. Mycol Res 109(11):1259-1267