REDIportal

Selamat Datang di REDIportal V3.0

Pemberitahuan Penting: Ini adalah instance resmi baru dari REDIportal. Karena insiden keamanan pada server REDIportal sebelumnya, situs lama telah dihentikan secara permanen. Saat ini, tabel utama dan fungsionalitas pencarian/unduh REDIportal telah kembali online. Bagian CLAIRE dan JBrowse dari situs masih dalam proses rekonstruksi.

Sumber daya penyuntingan RNA terbesar untuk manusia dan organisme lain V3.0

Penyuntingan RNA adalah fenomena epitranskriptomik yang relevan di mana RNA primer dimodifikasi melalui substitusi basa, penyisipan dan/atau penghapusan. Pada manusia dan mamalia lainnya, hal ini terutama melibatkan deaminasi adenosin menjadi inosin oleh keluarga enzim ADAR yang bekerja pada untai RNA ganda. Penyuntingan RNA A-ke-I memiliki banyak efek biologis dan deregulasinya telah dikaitkan dengan beberapa gangguan manusia. REDIportal V3.0 mengumpulkan 15.680.833 situs dari 9.642 sampel RNAseq GTEx (di 31 jaringan dan 54 lokasi tubuh) dan 9.683 sampel RNAseq TCGA (di 31 studi dan 24 jenis penyakit). Meskipun berorientasi pada manusia, REDIportal V3.0 juga mengumpulkan 107.095 situs dari sampel RNAseq nascent tikus, mencakup 3 jaringan berbeda (PubMed). Pengguna selalu dapat mencari situs pada level posisi (dengan menyediakan wilayah genom atau nama gen) dan pada level sampel (dengan menyediakan aksesi run GTEx atau id aliquot TCGA) untuk mendapatkan gambaran umum penyuntingan RNA per percobaan RNAseq. REDIportal V3.0 mengimplementasikan modul Gene View untuk melihat peristiwa individu dalam konteks geniknya dan modul dsRNA untuk mengeksplorasi penyuntingan RNA pada dsRNA. REDIportal V3.0 menampung sumber daya CLAIRE (PubMed). Terakhir, REDIportal V3.0 mencakup interkoneksi dengan Ensembl, UniProt, RNAcentral, dan PRIDE, yang merupakan sumber daya ELIXIR Core Data yang tersebar luas dan diakui secara internasional, bagian dari infrastruktur Eropa untuk ilmu kehidupan (ELIXIR).