Violin plot sel tunggal — VlnPlot

Violin plot sel tunggal — VlnPlot

Menggambar violin plot dari data sel tunggal (ekspresi gen, metrik, skor PC, dll.)

VlnPlot(object, features, cols = NULL, pt = NULL, alpha = 1, idents = NULL, sort = FALSE, assay = NULL, group = NULL, split = NULL, adjust = 1, y = NULL, y = FALSE, log = FALSE, ncol = NULL, slot = deprecated(), layer = NULL, split = FALSE, stack = FALSE, combine = TRUE, fill = "feature", flip = FALSE, add = TRUE, raster = NULL, raster = 300)

Argumen

object

Objek Seurat

features

Fitur yang akan diplot (ekspresi gen, metrik, skor PC, apa pun yang dapat diambil oleh FetchData)

cols

Warna yang digunakan untuk plotting

pt

Ukuran titik untuk titik-titik

alpha

Nilai alpha untuk titik-titik

idents

Kelas mana yang akan disertakan dalam plot (default adalah semua)

sort

Urutkan kelas identitas (pada sumbu-x) berdasarkan rata-rata ekspresi dari atribut yang diplot, bisa juga diisi 'increasing' atau 'decreasing' untuk mengubah arah pengurutan

assay

Nama assay yang digunakan, default adalah assay aktif

group

Kelompokkan (warnai) sel dengan cara yang berbeda (misalnya, orig)

split

Faktor dalam metadata objek untuk memisahkan plot, isi 'ident' untuk memisahkan berdasarkan identitas sel

adjust

Parameter penyesuaian untuk geom_violin

y

Nilai maksimum sumbu y

y

Atur semua batas sumbu y ke nilai yang sama

log

Plot sumbu fitur dalam skala log

ncol

Jumlah kolom jika beberapa plot ditampilkan

slot

Slot untuk mengambil data ekspresi (misalnya 'counts' atau 'data') — sudah tidak digunakan lagi

layer

Layer untuk mengambil data ekspresi (misalnya 'counts' atau 'data')

split

Plot setiap grup dari plot violin terpisah dalam bentuk violin tunggal atau ganda

stack

Tumpuk plot secara horizontal untuk setiap fitur

combine

Gabungkan plot menjadi satu objek ggplot yang 'patchworked'. Jika FALSE, kembalikan daftar ggplot

fill

Warnai violin/ridges berdasarkan 'feature' atau 'ident'

flip

Balik orientasi plot (identitas pada sumbu-x)

add

Tentukan apakah akan menambahkan noise kecil untuk plotting

raster

Konversi titik ke format raster. Memerlukan 'ggrastr' untuk diinstal.

raster

DPI untuk layer raster, default adalah 300. Lihat 'rasterize' untuk info lebih lanjut.

Nilai

Objek ggplot yang 'patchworked' jika combine = TRUE; jika tidak, daftar objek ggplot.